受青藏高原独特的气候的影响，加上人类活动的加剧，雅鲁藏布江流域多数地方植被覆盖率低，土地的沙化、退化十分严重，生态环境十分脆弱。西藏自治区已在雅鲁藏布源头建立特殊生态功能保护区，对源头的杰马央宗冰川和上游植被进行保护。雅鲁藏布中游是西藏人口稠密、工农业生产集中的地区，同时也是土地沙化、水土流失严重的区域。西藏自治区将这一地区划为生态环境建设区，从上个世纪九十年代开始，大规模植树种草、防沙治沙等生物措施和工程措施，遏制雅江中游土地沙化的势头，治理水土流失。随着经济的发展,对环境的治理和保护也提到了议事日程。2004年西藏自治区对废水、废气污染负荷分别占全区工业污染负荷80%的西藏羊八井地热试验电厂、拉萨水泥厂等15家重点企业提出了定期实现达标排放的要求。由于西藏自治区政府的重视，在全球环境污染日益严重的情况下，“世界屋脊”西藏仍是地球上受污染最少的地区之一，植物的纯净度远远超过国家标准，几乎没有受到污染。西藏至今未发现酸雨和放射性污染。环境监测表明，西藏工业“三废”（废气、废水、废物）的排放量甚微。拉萨市是西藏政治、经济、文化中心，人口相对密集，工业“三废”排放量占全自治区的90%。即便如此，拉萨仍是中国污染最轻、环境质量最好的城市。珠穆朗玛峰地区的空气质量达到《环境空气质量标准》的一级标准。西藏没有出现过酸雨现象，也没有发生过污染源污染环境的事故。每年的固体废弃物中，没有发现任何危险废物和放射性废物。为了防止城市生活垃圾和工业固体废物对环境造成危害，西藏加大了对各大医院医疗废物处置情况的监督检查力度。2004年，西藏开工建设“西藏自治区危险废物处置中心”和“西藏自治区放射性废物库”。2006年，还将在六地区建立“医疗废物处置中心”，逐步规范危险废物、医疗废物、放射性废物的监督管理工作，实现对危险废物的减量化、资源化、无害化处置。西藏雅鲁藏布江、金沙江、怒江、澜沧江等主要江河干流的水质状况良好。西藏的1600多个湖泊由于周围没有污染，仍处于原生状态。西藏最大的纳木错湖和羊卓雍湖虽然人类足迹较多，但水质均达到一级清洁水标准。