2002年5月22日,阿卡耶夫总统在比什凯克主持召开了吉安全委员会会议。会上宣布了对3月17日吉南部阿克瑟区发生的警察向示威群众开枪事件的结论。巴基耶夫在会上表示,他对此事件负有不可推卸的责任,因此决定引咎辞职。
在24日吉发生政治事变后,巴基耶夫被临时出面主持工作的吉上届两院制议会选举为代总统和代总理。吉尔吉斯斯坦新议会在28日下午举行的会议上通过任命巴基耶夫为吉总理的决定。根据吉宪法,在总统因故不能行使权力时,总理将代行国家最高领导人的职能。