十六届三中全会在体制上清除了非公经济发展的障碍。但在实践中发现，一些地方政府和部门的行为仍然在一定程度上阻碍了非公经济的发展，主要表现在以下几个方面：

一是对非公经济的发展重视不够。（1）没有做到一视同仁。对待本地非公企业，没有与其它所有制企业和外地来投资办厂企业一视同仁，使本地非公企业失去许多发展机会。（2）重大轻小。政府往往关注较大的或重点的非公企业，忽略了众多中小企业发展对经济产生的巨大作用。（3）对非公经济发展缺乏科学指导。政府如何通过产业政策引导非公经济发展缺乏指导性和科学性，致使地区主导产业不突出，产业内部和区域内部以及企业之间分工协作不紧密。（4）中介组织和机构发展不重视。对提供融资、技术、咨询、物流、法律、财务、信息等中介部门和行业协会的发展支持不够，致使政府职能不能有序转移。（5）对非公经济主体的培训和教育缺乏，使得许多业主经营素质得不到提高，各种违法和侵害事件屡屡发生。

二是政策落实存在断层。（1）优惠政策宣传不到位。据某市经济环境发展投诉中心调查，经济主体认为优惠政策“不到位”的有29.7%，认为“一般的”有34.19%。（2）政策的稳定性和连续性不强。有的政策出台后缺乏稳定性，政府工作重点转变了政策也跟着变；有的政策出台没有考虑到前后的连续性，后面的优惠政策反而不如前面。（3）政策落实出现“断层”。一是有的政策出台后，有关部门没有及时制订具体可行的实施细则；二是有的政策尽管有了操作办法，但在执行过程中存在打折扣甚至不落实现象。

三是创业环境有待进一步提高。（1）行政管理和行政执法存在的问题仍然较多。尤其是对“执法队伍服务素质不高”、“中间梗阻”、“政府管理机制没理顺”、“行政效能低下”、“多头审批程序繁琐”、“对违纪人员处理不力”、“政策法规不适应”、“领导重视不够”、“暗箱操作”等问题反映强烈。（2）“中梗阻”现象严重。调查还显示，认为“办事难”难在办事员的有56.99%，即“科员现象”；认为是中层干部的占30.8%。此外，被调查者中有近46.2%的认为执法部门有粗暴干扰企业的现象。（3）市场准入门槛仍较高。如金融服务、垄断行业、市政公用事业、社会事业、基础设施等领域，依然存在诸多限制非公经济进入的条框。（4）融资渠道较窄。融资难的问题依然是困扰大多数经济主体的主要问题，政府对如何拓宽投融资渠道的办法不多。据中心调查，经济主体认为融资“难”和“较难”的比例达到34.6%,另有44.5%的人认为“一般”。

四是服务工作难以到位。（1）一些事情领导重视，但到了下属或基层就出现应付现象。（2）有的部门强调已经减少了多少审批事项、放了多少权，认为现在企业的要求太高了。（3）不少部门和人员习惯把矛盾上交，事事都要向领导汇报、请示，怕负责任。（4）有的经济部门干部，不注重业务知识学习，对经济工作一知半解，对企业状况了解不深，甚至对专业术语也不太清楚，更谈不上指导帮助企业发展。（5）对招商引进的企业，在用地、用电、用水等问题上没有做好前期必要的准备。（6）对于外地来投资办厂的企业主，在住房、子女就学、社会保障上没有得到有效解决，一定程度上制约了企业主手脚，不能全身心办事业。

要解决上述影响非公经济发展的政府行为问题，笔者认为，首先，政府应高度重视非公经济的发展，着力营造有利于非公经济发展的优良环境，政府不仅要制定政策鼓励民营经济发展，更要使政策前后一致。其次，转变政府职能，提高服务水平。加快行政审批制度改革，逐步以企业登记备案制度取代行政审查审批制。放宽市场准入限制，允许非公经济进入法律法规未禁入的领域。建立和完善投资体系，扩大融资渠道，增加对非公企业的信贷投入。大力发展民营经济协会和各类中介组织，发挥协会自身管理和中介组织服务的作用。大力实施企业经营信用工程，建设诚信体系。等等。