党的十一届三中全会以后，我们党依据对时代和国家安全形势的科学判断，正确制定了包含国家安全战略和发展战略在内的总体战略，确立了国防建设与经济建设协调发展的基本方针，国民经济迅速发展，国防建设也取得了与日俱增的军事效益和社会经济效益。由此可见，改革开放以来我国国防建设与经济建设的关系总体上处在比较融洽的状态。不过，这种协调主要反映在国家总体战略目标的协调，如果以科学发展观的理念全面审视二者的关系，我们就会发现，在资源配置、机制体制这两个层面，还存在着一些亟待解决的问题。
国防建设投入规模问题
国防建设投入包括人力、物力和财力三方面的投入，但主要形式是国防费投入，它是资源分配协调与否的集中体现。多年来，党中央、国务院一直很关心、重视国防和军队建设。尤其在1990年代中期以来，国防费总量增长较快，到2003年总额为1853亿元，约合224亿美元，占GDP的1.69％，占国家财政的7.8%，国防费投入不足的状况有所改观。但由于历史积累、世界新军事变革推进速度加快等原因，我国现有的投入水平仍然偏低。
根据 2002年中国国防白皮书，我国国防费绝对额只有美国的5.9 %，日本的50.4%，英国的58.6%。同时，与世界绝大多数国家的军事开支额相比，我国也处在较低水平。冷战结束后十多年来，世界国防费占全球GDP的平均比重一般在2.5%—2.7％，近年来平均为2.6%，而我国2003年仅为1.69%，比世界平均水平低不少。
如果用军人人均军费支出额的标准衡量，我国与国外的差距更大。2002年我国的军人人均军费为8192美元，美国为24万美元，英国为11万美元，法国和德国都是10万多美元。这就是说，在军人人均军费支出上，美国是我国的29倍，英、法、德等国是我们的13倍。如此大的差距说明在军事变革这一决定国防和军事实力的特殊竞争中，我国在资源保障条件方面处于绝对劣势地位。军人人均军费支出额指标是衡量军事变革资源支撑力度的关键性指标。目前，世界各国军人人均军费开支大致可以分为四种类型，一类是军事超强型，军人人均军费一般达到20万美元以上，符合这一条件的目前只有美国；二类是军事强大型，军人人均军费6万美元以上，英国、法国、德国、意大利等国属于这一范畴；三类是军事快速发展型，军人人均军费一般在2万美元以上，以色列、韩国、中国台湾地区均在这一资源线以上；四类是军事维持和略有发展型，军人人均军费一般为2万美元以下，印度、埃及、巴基斯坦、土耳其和中国大陆等属于这类国家。世界上公认的军队建设由从机械化开始向信息化转变，军人人均军费需要达到2万美元以上。而我军2002年军人人均军费才8000美元多一点，离2万美元的标准还有相当大的差距。
这说明，与世界新军事变革先行国家相比，与一些军事大国和我国周边有的国家和地区相比，我国国防建设投入相对规模还未达到应有水平，与打赢信息化战争条件下的局部战争，维护国家安全和统一的实际需求之间还有相当的差距。
国防建设投入效益问题
国防费效益是制约国防建设与经济建设协调发展的重大问题。如果效益不高，既定的国防投入就不会产生应有的军事效益；反过来，国防部门就会向国民经济部门索要和消耗更多的资源，从而加重防务负担，导致国防建设与经济建设资源占有关系的失调。
目前，我国国防费效益中存在着一些不可忽视的问题：一是人员费与装备费、研发费的比例不合理。根据我国近年公布的国防白皮书，2000年—2002年我军人员生活费、活动维持费和装备费大约各占1/3。我国的国防科研投入比重也比较低。所有维持性开支比例高达2/3。即使在有限的装备费投入中，也有相当大的部分用于技术水平较低的一般装备的维护，而真正用于新装备的研制、采购的费用较少。尤其值得注意的是，装备购置费等比例偏低，制约了我军武器装备向高科技跨越性发展。二是军兵种费用结构不合理。目前，随着军事变革的深入发展，各发达国家不断压缩陆军经费比重，扩大海空军等高技术军兵种的投入比重，陆军占总军费支出的比例一般不超过1/3。日本陆军的比重最高，但目前也只有38%左右。我国陆军军费所占比重仍然偏高，海空军和二炮的经费投入仍然偏低。我国军费还没有形成新军事变革所要求的费用结构，与世界绝大多数军事变革的先行国家相比仍有很大差距。三是军事人才建设投入不足。四是军费保障范围太大。目前外军已经把大量的社会性服务保障交给民间机构，如美国的五角大楼有1万多个停车位，有2万多军官和文职人员办公、生活，但也只设立了一个16人的办公室负责协调指挥，所有保障都由民间公司承包。而我国军费的保障范围一直很宽，管了很多本应由社会管的事情。五是仍不同程度地存在着盲目投资、重复建设等问题，管理效益仍然有待提高。
国防建设体系与
经济建设体系兼容性问题
在兼容发展方面，我们取得了很大的成效。但用现代经济发展的标准看，我国国防建设体系和经济建设体系在总体上还是“两张皮”，还处在军民分割、自成体系的状态，国防建设总体上还是在经济建设的“体外循环”。在国防建设中贯彻经济建设要求的方面，主要问题是国防科技工业相对封闭，自我发展，是一种研发能力、总成能力两头小而自成体系的加工制造能力一头独大的传统“橄榄型结构”，而不是一种紧紧依托民用工业体系的现代“哑铃型结构”。另一方面，国民经济在结构、布局、体制、技术、人才培养等方面还不能很好地兼顾国防建设的要求。在这方面，我们还没有立法。而世界很多国家已有十分成熟和规范的做法。比如，根据英国有关法律规定：高速公路必须每150公里修一个飞机跑道；所有大、中型船舶设计，尽量体现军用要求，设计最后必须经过国防大臣和军交部长签字以后才能通过。韩国也把2007年交付使用的两艘大型运输船，设计为军民两用型，战时不用改装即可成为容纳700名士兵、10架直升机和10多辆战车的轻型航母。就连我国的台湾，在修建从基隆到高雄的300公里高速路上，也建了5条备用的飞机跑道，平均每60公里一个战备机场跑道。相比之下，我们的差距很大。
