着眼于连任后行政改革的需要，俄总统普京颁布命令，对政府进行了大幅度的调整。除任命新总理和新外长等人事措施外，机构的大规模的裁并尤为引人注目。副总理的数量减为一个，政府机构的类别由原来的6种减为3种（联邦部、联邦总局和联邦署），通过合并和调整，政府机构数量由50多个部委局署减为22个。在这次机构改组中，国防、军工机构发生了不同程度的变化。

国防部权限增大

此次改组，俄国防部在如下方面增大了权力：1、铁道兵重回国防部序列。铁道兵长期在苏联武装力量的序列内活动，但在戈尔巴乔夫时期，出于欧洲常规裁军谈判的需要，铁道兵从武装力量序列中撤出。叶利钦沿用了这种做法。但是，铁道兵仍然属于俄“军事组织”的范畴，在政府中设有铁道兵总局，管理这支队伍。这次改组，撤消了铁道兵总局，把该局承担的职能交给了国防部。2、收编了特种建设总局。原政府所属的特种建设总局改名为特种建设署，列入国防部的序列。按照国防部长伊万诺夫的考虑，这个特种建设署应和国防部的特种建设部门合并，同时为军队和地方服务。3、调整了国防订货机构。2003年3月，俄在国防部下成立了国防订货国家委员会，既承担武装力量的国防订货，也受权为其他强力部门采购通用装备，委员会主席兼任国防部副部长。这次改组，把国防订货委员会改为国防订货总局，把原委员会承担的制定和通过法规文件的职能交给了国防部。4、调整了军贸机构。2000年12月，俄在国防部属下成立了一个俄联邦与外国军事技术合作委员会，委员会的主席兼国防部副部长，把军贸大权交给了国防部。此次改组，该委员会改为军事技术合作总局，其制定并通过法规文件的职能交给了国防部。5、增加了一个俄联邦技术和出口监督总局。这个总局由原总统下属国家技术委员会改组而来，同时，又从原经济发展和贸易部接过了出口监督职能。把技术和出口的监督职能由国防部来掌管，使国防部的权力延伸到了军事工作之外。6、把核国防工业机构的管理权交给国防部。此次政府改组撤消了原子能部，在工业与能源部下面设立了一个原子能署。但是，又规定该署在核国防工业企业和组织的问题上要听命于国防部。

军工管理体制由多头变得相对集中

俄罗斯的军工管理体制一直在集中管理和分散管理当中徘徊，在每一次政府改组中都有变化。在这一次改组前，军工管理体制处于相对分散的状态之中。政府中有10来个部门对军工行使政府管理职能：原经济发展与贸易部负责编制国防订货的主体部分（国防订货计划的75%由它编制），财政部负责国防订货的拨款，联邦资产关系部和司法部充当军工国有资产和科研知识产权的国家所有人和保护人，工业与科技部以及5个国防工业署（常规武器署、弹药署、指挥系统署、造船署、航空航天署）负责国防工业企业的行政管理和行业管理，原子能部负责核国防工业的管理，国防部负责提出本部的装备需求和其他强力部门通用装备的需求以及军事技术合作。可以说，没有一个相对集中的行政机构负责军工。此次政府改组在一定程度上解决了集中问题。1、军工企业的直接管理权集中到了新成立的工业与能源部。该部下设一个工业署，专管国防工业企业与组织，该署接收了原常规武器署、弹药署、指挥系统署、造船署，以及航空航天署的航空部分的主要职能。原航空航天署的航天部分改组为航天署，也隶属于工业与能源部。原子能部撤消后成立的原子能署如上所述也隶属该部。2、经济发展与贸易部增加了对军工国有资产的管理职权。该部除拥有编制大部分国防订货的职能外，联邦资产关系部撤消后成立的联邦资产管理署也隶属该部。3、国防部如上所述，集中了提出本部门武器需求和其他强力部门通用装备需求，制定国防产品价格政策、管理和监督武器出口的职能。目前的军工管理体制在政府这一块形成了这样的体制：由总理任主席的政府军事工业问题委员会未见撤消，该委员会负责制定政策建议；由工业与能源部负责国防工业的直接管理；由经济发展与贸易部负责编制主要的国防订货和管理军工企业国有资产；由司法部负责保护国防科研的知识产权；由财政部负责国防订货的拨款；由国防部负责提出装备订货需求、管理武器贸易、监督核国防工业。