2006年第3期《中州学刊》牛安生的文章说，少数服从多数的原则也存在局限性。人们对事物的认识不仅与自身的视野、认识能力有关，而且往往和自己的利益紧密联系在一起。这是导致少数服从多数原则局限性的基本因素。在实际生活中，多数人的视野、认识能力也是有限的，而且，在涉及个人或者小团体利益的时候，一个人的认识往往可以受到自身利益的干扰，甚至为了自身和小团体的利益宁愿同意一种不正确的观点，或者因为追求自身的利益，自己的认识也往往被利益诉求所扭曲，固执己见，损害大局。这样，以局部利益和私利为基础确立起来的、尽管是少数服从多数作出的决定，就很难是科学的、正确的。这是少数服从多数原则局限性的重要根源。正因为如此，少数服从多数也只能是相对科学的原则，它并不是一个十分完美的原则。

文章说，正因为少数服从多数也有局限性，所以在强调少数服从多数原则的同时，还必须强调保护少数的原则。第一，在一些情况下，真理往往在少数人手里。毛泽东说过：“许多时候，少数人的意见，倒是正确的。历史上常常有这样的事实，起初，真理不是在多数人手里，而是在少数人手里。”这类事情并不鲜见。在一些领域尤其是自然科学领域，是不能用少数服从多数来解决科学问题的。科学常常是“多数服从少数”。因此，实行少数服从多数的同时，必须保护少数。从这个意义上说，多数尊重少数，也就是尊重实践、尊重科学、尊重真理。第二，少数的利益和权利不能剥夺。比如，人的生存权利、说话权利、受教育的权利等等，是不能被随便否决的。在一个不能保护少数的组织里多数人的意志和利益也很难得到保证。