近年来，日本遇到了重大的社会经济变化的挑战。低经济增长、人口老龄化和人口减少，以及与东亚地区的新贸易关系，致使日本必须改革其在经济和人口高增长时期确立的体系。 过去40年里，日本的目标一直是，通过发展非城市化和欠发达地区，缓解主要城市或工业区集聚带来的压力，以控制地区差异。从某些方面来说，这项政策是成功的。经合组织的一项调查显示：与其他国家相比日本地区差异较小。但是就整个日本社会来说，政府现在面临的很多问题都与地区有关。人口老龄化和人口减少迫使政府重新考虑人口稀少地区的公共服务，在这些地区如何提供公共服务以及能起到什么作用等问题。此外，东亚地区的新贸易关系与投资再分配也可能影响到日本内部经济活动的空间分布。
日本在应对所面临的挑战上，是从地区层面来考虑相应的对策的。整个的改革过程中，日本政府采取的是多些灵活性、少些自上而下的地区决策方法，从而提升日本各地区的国际竞争力。
加强跨部门的战略规划与协调。地区规划在日本组织地区发展中具有极其重要的作用。20世纪60年代出台的一系列全国发展综合计划为日本战后的发展做出了巨大贡献。但是，随着时间的推移，这些计划己变得概念性强，可操作性差，优先领域不明。日本现行规划体系的弱点(缺少清晰的目标，责任和期限不清)意味着它没有充分发挥协调政策的作用。尽管最近日本大力改组中央政府部门，但其行政体系仍暴露出不完整性。
面对这些问题，新的规划体系发挥了一定的作用。新体系将长期战略规划与短期政策目标联系起来，这其中包括了加强与预算执行机制的联系。这一新体系是以可预期的目标为基础，更充分地利用成果指标，职责分明，期限明确。
依靠地区资产和技能。日本政府已经认识到地区竞争力的提升和有效的地区创新体系对国家经济增长和发展的重要性。以往的传统部门的产业政策、标准化的人力资本以及对地区公共基础设施的投资，在日本经济和国际地位发生了变化的今天已不再适用。而要在地区资产、专业化和技能的基础之上走更加可持续发展道路。
这一政策思路的改变与强调政策干预结合起来。其中两个最重要的政策领域是，一是针对行业的措施，二是让公共研究对提高企业生产率做出更大贡献的措施。日本政府逐渐将其注意力转移到深挖行业的潜力上，以行业作为地区经济政策的重要支柱。最近几年，日本政府转而重视发展基于网络的行业。由于在密集的网络行业里可以积累丰富的经验和技能，并有大量的知识交换，进而推动了企业的孵化，从而在竞争与协作过程中产生创新。这些改革的政策就很容易让企业来关注大学，并鼓励它们与地区产业以及金融家合作，使新技术商业化。这一改革的重要启示是，重点从行政控制和标准化转向较为灵活的体系，鼓励有关各方建立新联系和进行新实验。
使大城市中心恢复经济活力。日本的城市集中了该国的大部分财产和生产资本。虽然日本30多年来一直采取较强的政策干预，但其经济仍然由关东和近畿地区主导，这些地区的人口约占全国人口的50%和GDP的60%。在经济高增长期，大城市曾是国家经济动态的标志。然而近几年来，大城市也面临着许多的困难。特别是城市土地市场破产，削弱了日本三大城市(东京、大阪和名古屋)的经济，从而引起了城市以外的房地产价值持续下滑。日本政府出台了各种新的政策来挽救房地产业，如改善城市环境，刺激城市土地市场等，以提高城市的竞争力。另外在财政方面，日本政府把政府金融机构吸收的存款和其他民间资金集中起来，作为财政性资金使用，主要是用于支持基础设施建设和基础产业的发展。其中一小部分作为财政资金无偿投入，将来以税收偿还，大部分则通过政策性金融机构投入。日本政府通过财政投融资制度为闲置的资金找到了新投向，盘活了城乡闲置的资源，创造了大量的新财富和附加价值，既挽救了城市，也激活了农村。
日本政府首要的城市发展计划——城市复兴计划有三大特点：(1)强调私人投资和市场力量的作用； (2) 利用集中的、局部的撤销管制和特别豁免来废止过时的法规； (3)项目由地方推动，加强地区自治。近几年日本城市政策的一个重要转变是越来越关注地区性城市。
制定更具综合性的农村政策。与其他很多经合组织国家一样，日本农村地区处在政治议程的前列，这影响到对外部贸易和对内决策。过去，日本农村政策集中在两个方面：(1)确保粮食生产的农业政策及相关措施，借以支持农村社区；(2)旨在确保平衡发展的地区政策手段。如今，日本又推出了三大农村措施：
1、重组农业并使之多样化。就针对具体部门的改革而论，这些重组主要给“有积极性的农民”提供激励。
2、以农村地区固有的价值观为基础。日本城市人口对农村地区的兴趣显著增加，很多农村地区已经成功地制定了农村观光政策，发展农村与城市地区联系的协会，发展地方产品与其它活动。
3、可持续的农村社区。最新的全国发展计划——“21世纪的伟大设计”将小城镇及其周边农村社区视为以新方式组建低密度地区的潜在基础，这就可以为环境保护和文化遗产的保全做出贡献。
加强地区政府自治。日本政府各部门都建立了一整套的政策框架，监督协调和评价机制，各地区可以据此制定自己的政策。但是传统的自上而下的公共管理结构正在被改变，以适应政府较为分散的体系。重视地区和地方政府的意见对影响地区政策的制定方式有明显效果。由于经济和财政的利害关系推动政策趋向于分散似乎成为一种趋势，但这种趋势也响应人们对公共物品供应更加多样化的要求。这一过程的重点是对地方财政体系的评价。为了更好地推进垂直协调，日本政府开始建立特殊的机制来管理分散化政策制定。
