亚里士多德的哲学里包含有神学思想，其逻辑学本来主要是研究学问的工具，然而后来经院哲学家们为了使信仰和理性不相互冲突，就竭力把《圣经》和亚里士多德哲学结合起来，让人们相信任何需求的知识都能够在《圣经》和亚里士多德的著作里得到启示。亚里士多德的三段论法成为了为天主教教义进行繁琐论证的工具。
在17世纪的欧洲，首先在英国爆发了资产阶级反对封建制度的革命，当时，哲学家们高举批判的旗帜，批判维护封建统治的经院哲学。著名的英国哲学家弗兰西斯·培根（1561―1626）就是坚决反对空洞烦琐的经院哲学的一位。
弗·培根认为，科学和哲学之所以进步很慢，就是因为没有遵循正确的求知方法。他说：“无论人的赤手或者人的理智，听其自然，都不能发生多大的效力。工作的完成要靠工具和帮助，而工具和帮助都是理智和手所同样急切需要的。正如手的工具使手运动或给它指导一样，心的工具则给理智提供暗示或警告。”这里所说的心的工具就是帮助人们进行正确思维的工具——逻辑学。然而他指出“我们现在所有的逻辑也并不能帮助我们发现新的科学。”
弗·培根把自己论述新方法的著作命名为《新工具》，以区别于亚里士多德的《工具论》，目的就是要用一种新的逻辑学来代替亚里士多德的逻辑学。他在书中针对当时流行的逻辑方法的弊病，指出三段论是不足以穷自然之奥秘的。他说：“三段论是由命题组成的，命题是由词语组成的，而词语是概念的符号。因此，如果概念本身（这是事情的根本所在）不清楚，并且是很草率地从事实中抽出来的，那么上层建筑便没有稳固的基础。因此，我们唯一的希望就在于一种真正的归纳。”培根力图用他新建立的归纳逻辑来代替三段论式的演绎逻辑，并把归纳逻辑贯通到各种领域中去。
亚里士多德在《工具论》中对推理过程中可能发生的逻辑谬误进行过分析，弗·培根则在《新工具》中探讨了人类在求知过程中可能来自人的主观方面的谬误。他把人的理智比作一面凹凸不平的镜子，会把主观的性质掺杂到事物的本性中去，所以从镜子中看到的事物已是歪曲的、变了样的。因此，必须扫除来自人的主观方面的种种假相。他把假相分为四类：1）种族的假相，是源于人类的生理特性而发生的错误；2）洞穴的假相，是来自个别人的心理状态和教育习惯等方面的错误；3）市场的假相，是由于语词混乱而引起的错误；4）剧场的假相，是出自理论的或哲学观点方面的错误。培根寄希望于归纳法来排除这些假相，他说：“用真正的归纳来形成观念和公理，无疑是避免和清除假象的适当补救办法。”只有依靠归纳才能给三段论法提供正确可靠的大前提。
“知识就是力量”，这一著名口号就是弗·培根提出来的，同时他还提出了“要支配自然必须服从自然”的唯物主义原则。对于当时科学研究中已经相当盛行的实验方法，他是非常重视和赞赏的。在《新工具》中，他把实验和归纳看作相辅相成的科学发现的工具。他看到了实验对于揭示自然奥秘的效用，他说：“自然的奥秘也是在技术的干扰之下比在其自然活动时容易表露出来。”人通过实验，有意地干扰、控制自然条件，逼迫自然招供，以显示出某种自然规律。他所倡导的归纳法正是实验科学中探求因果关系的方法。
弗·培根本人不是专业科学家，未曾系统地从事科学实验工作，正如他自己所说：“我只是吹号，可是我不到战场去。”但他推崇实验，倡导实验，并且第一次从方法论的角度研究了那一时期出现在科学中的实验方法和整理实验数据、分析实验事实的归纳方法。作为实验和归纳法的倡导者，他强调人们的眼光不应脱离实际事物，号召人们去研究各种实际事物，不要以为一切需要知道的东西都已在《圣经》和亚里士多德那里获得启示了。马克思、恩格斯在他们早年合著的《神圣家族》一书中，曾称弗·培根为“实验科学的始祖”，是对他的思想和工作的高度评价。当然，通过亲自进行系列实验而创建实验科学的真正始祖，应是达·芬奇（1452―1519）、威廉·吉尔柏特（1540―1605）、西蒙·斯蒂文（1548―1620）、伽利略（1564―1642）、哈维（1578―1657）、托里拆里（1608―1647）等人。“实验科学”一词则是早就热衷于实验方法的罗吉尔·培根（1220―1292）首先提出的。
以前，仪器、仪表、试剂多是工匠、药剂师、炼金术者手里的工具，进入17世纪以后，则已成为科学家们手里经常使用的实验工具了。像 “热”这种东西，已经从工匠们的技艺对象和哲学家们的思辨对象，转变为科学家们使用温度计等仪器来进行研究的实验对象了。弗·培根起初把《新工具》命名为《时代的大产儿》，不管他想这样命名的本意如何，至少说明了他的著作与那个时代日益盛行的实验方法的联系。还有传说：培根是因为想在雪地里解剖鸡受了凉而得病去世的。
弗·培根的哲学和科学思想的影响是深远的，在很长时间里曾经成为科学家工作的一种指南。进化论的创始人达尔文（1809―1882）在叙述他发现自然选择规律的经过时说：“我是按照真正的培根原理工作的”。著名的法国科学家拉普拉斯（1749―1827）曾说，培根“对真理的探求所提供的是规则而不是例证。这位伟大的哲学家竭其条理与雄辩之威力，坚持要专致力于观察和经验，而抛弃那学院式的无意义的繁琐性的东西。他提出了到达各种现象的一般原因的真实方法。在结束其生涯的那个美好世纪中，他为人类精神的广大进步做出了贡献。”
