高等教育稳步发展。到2003年底，全国共有高等学校2003所，在校学生达1900万人，高等教育毛入学率约17％，进入了国际公认的大众化教育阶段。联合国教科文组织在2003年6月23日发表的一份有关世界高等教育情况的报告中指出：中国高等学校在校生人数在过去非常短的时间里翻了一番，高等教育规模跃居世界第一。

初具规模的高等教育体系，经过近年来的改革得以进一步完善。一项打造100所世界一流大学的工程始于1993年，已有708所高校经合并组建为302所多学科或综合性学校，其中包括中央工艺美术学院被并入中国最负盛名的学府之一清华大学，有百余年历史的北京大学与全国最好的医科院校北京医科大学实现联手。高校合并使高等教育管理体制实现了深刻变革，教育资源得到优化配置，教学质量和办学水平均有进一步提高。国家还设立专项资金重点支持若干所大学进入国际先进行列，获支持的学校达30多所。

高等院校扩大招生规模已持续数年。1999年至2002年，招生人数从160万增加到320万。2003年，全国普通高校招生382万人，比上年增加62万人；高校和科研院所招收研究生26.9万人，比上年增加6.6万人。2004年，研究生招生总规模进一步扩大，计划招收33万人，比上年增长22.7%。

高等学校科研实力逐渐增强，对国家经济建设和社会发展的贡献日益凸现。高校生产教学科研诸方面加强合作，使科技成果转化速度加快，涌现出一批高新科技企业和重大科技创新产品。到2003年底，经认定和启动建设的国家大学科技园有43家，其中一些科技园已成为高新技术成果转化的重要基地。