中国第一个自然保护区为1956年划定的广东肇庆鼎湖山自然保护区。到2003年底，全国累计建立各类自然保护区1551处，总面积为14472万公顷，占陆地国土面积的14.4%。这些自然保护区使全国88％的陆地生态系统类型、87％的野生动物种群、65％的高等植物群落、近20％的天然林、50％的沼泽湿地，以及国家重点保护的300多种珍稀濒危野生动物的主要栖息地和130多种珍贵树木的主要分布地得到有效保护。

2000年8月设立的三江源自然保护区是中国面积最大（总面积31.6万平方公里）、海拔最高（平均海拔4000多米）、生物多样性最集中的保护区。该保护区地处青藏高原腹地，位于长江、黄河和澜沧江的源头地区。2003年启动的“三江源”保护工程全部由国家投资，投资额约2.2亿元。自然保护区最多的省份是云南，有157个，面积达到299万公顷。四川的卧龙和九寨沟、吉林的长白山、广东的鼎湖山、甘肃白水江等22处自然保护区，被联合国教科文组织列为“世界生物圈保护区”。