已经初具规模的高等教育体系，经过近年来的改革得以进一步完善。一项打造100所世界一流大学的工程始于1993年，十年中，有708所高校经合并组建为302所多学科或综合性的高校。1999年9月，中央工艺美术学院被并入中国最负盛名的学府之一 ——清华大学；2000年4月，有百余年历史的北京大学与全国最好的医科院校——北京医科大学实现联手。目前，全国共有高等学校1911所。国家设专项资金重点支持若干所大学进入国际先进行列，获支持的学校达30多所。

    高等院校扩大招生规模已持续多年。1998年中国普通高校招生108万人，1999年至2002年，招生人数从160万增加到320万。2003年，全国普通高等学校计划招生335万人，比上年增加15万人；高校和科研院所计划招收研究生21.7万人，比上年增长33%。

    高等学校科研实力显著增强，已经成为全国科技创新、特别是基础研究领域的生力军。高校生产教学科研诸方面加强合作，使科技成果转化速度加快，涌现出一批高新科技企业和重大科技创新产品，有22家国家大学科技园成为高新技术成果转化的重要基地。