据中国卫生部消息，“十五”期间，在中央和地方各级政府的努力下，中国的乡镇卫生院建设得到较快发展，基础设施条件有所改善，人员素质有所提高，服务能力有所增强。

“十五”期间乡镇卫生院管理体制和运行机制改革进一步深化。各地开展了乡镇卫生院人员、业务、经费等上划到县级卫生行政部门管理的工作。各地还积极推动乡村卫生服务管理一体化工作，统一管理乡村两级卫生机构的业务、人员、药品采购等。

对乡镇卫生院投入增加。2004年，中央财政安排37亿元补助地方卫生事业，用于农村卫生的资金占到88%。其中，3.64亿元用于农村卫生人员培训，4.16亿元用于为乡镇卫生院配备急救设备，10亿元用于支持中西部地区新型农村合作医疗试点县、艾滋病综合防治示范县和血吸虫病重点疫区县的乡镇卫生院建设。2005年，中央财政又安排38亿元补助地方卫生事业，主要用于农村卫生。同时，国家发改委会同卫生部继续安排30.52亿元建设农村卫生机构，其中23亿元用于乡镇卫生院建设。在中央财政加大投入的同时，各省(区、市)也不断加大投入。

乡镇卫生院人员素质逐步提高。2005年，中央财政投入资金为中西部地区乡镇卫生院培养传染病主检医师34640名，对卫生院院长进行了管理知识培训，增强了乡镇卫生院传染病防治能力，提高了乡镇卫生院管理水平。

2005年，卫生部、财政部和国家中医药局启动“万名医师支援农村卫生工程”项目，通过采取对口支援的方式，组织动员城市医疗卫生机构在人才培训、设备支持、技术指导等方面支援农村卫生机构，提高其服务能力。甘肃开展了二级以上医疗卫生机构对口支援乡镇卫生院的试点，共派出1050人对口支援350所乡镇卫生院，帮助开展适宜技术和项目，方便农民看病就医。受援地区预防保健工作明显加强，医疗服务水平显著提高。