6月23日，国家防汛抗旱总指挥部正式批准成立珠江防汛抗旱总指挥部，国家防总是根据广西、云南、贵州、广东、福建省（自治区）人民政府和水利部珠江水利委员会的联合请示，经报请国务院领导同意，决定成立珠江防汛抗旱总指挥部。

珠江防汛抗旱总指挥部由云南、贵州、广西、广东、福建省（自治区）人民政府和水利部珠江水利委员会组成，由广西壮族自治区政府主席担任总指挥，云南、贵州、广西、广东、福建五省（自治区）副省长（副主席）担任副总指挥，水利部珠江水利委员会主任担任常务副总指挥。珠江防汛抗旱总指挥部办公室设在水利部珠江水利委员会。