6月2日，国家减灾委员会办公室、全国抗灾救灾综合协调办公室召开5月全国自然灾害灾情会商会，民政部、国土资源部、农业部、国家统计局、中国地震局、中国气象局、国家海洋局等部门有关人员到会，对5月份自然灾害进行分析和评估，并对6月灾害趋势进行了预测。

2006年5月份，我国自然灾害以台风、旱灾、洪涝和风雹为主。据统计，5月份全国受灾人口5451.4万人，紧急转移安置124.7万人，因灾死亡96人；农作物受灾面积11671.4千公顷，其中绝收面积387.5千公顷；倒塌房屋4.6万间；因灾直接经济损失128.7亿元。灾情较近五年来同期偏重。

民政部国家减灾中心灾害信息部主任李保俊说，5月份全国自然灾害主要呈现以下特点：一是今年第1号台风“珍珠”登陆，福建、广东、浙江、江西等省损失严重。台风“珍珠”登陆时间比常年初台登陆时间提早40余天，是1949年以来登陆我国最早的台风之一。二是东北地区西部、甘肃、宁夏等地旱情持续发展。5月份，华北北部、东北地区西部和北部以及内蒙古中东部、甘肃、宁夏等部分地区基本没有有效降水，旱情持续加剧，群众生产生活困难突出。三是南方暴雨天气频繁，局部地区发生洪涝灾害。暴雨日数仅次于1973年，为1960年以来次高值。浙江、安徽、江西、山东、河南、湖北、湖南、广东、广西、重庆、贵州和新疆生产建设兵团等12个省（自治区、直辖市）不同程度遭受洪涝灾害。四是中东部地区风雹灾害频发，死亡人口较多。全国有13个省（自治区、直辖市）、48个地市的113个县（市、区）及新疆生产建设兵团8个师的36个团场不同程度受灾，因灾死亡40人。五是南方地质灾害高发，发生频次为近6年来之最，但由于各地减灾救灾措施得力，因灾死亡人员明显减少。

国土资源部中国地质环境监测院高级工程师唐灿说，6月份，是我国地质灾害发生最严重的月份之一，将比5月更为严重，重灾地区将在广大南方山区和陕西、东北部分地区，尤其是东南沿海、四川、贵州和云南、湖北、安徽、江西等地。

农业部种植业司调研员蒋湘梅说，5月份的降水，使内蒙古中西部、西北地区东部、华北、黄淮以及华南西部和西南地区的干旱逐步得到缓解或缓和。但东北地区西部、内蒙古东部降水偏少，旱情发展，部分地区无法播种，已播的作物出苗不全，长势较差，可能对秋粮收成造成严重影响。

中国地震局中国地震台网中心预报部副主任张永仙指出，青藏块体小震转为平静，华北、东北地区地震趋于活跃。5月份，青藏块体无5级以上地震发生，4级以上地震1次，华北地区有3次4级以上地震。

中国气象局国家气候中心气候影响评估室副主任高歌说，预计6月份，内蒙古东部、东北中部和北部降水仍将偏少，部分地区的旱情可能持续或发展。因此，上述地区应采取有效的抗旱措施，以保证春播作物正常生长；由于风干物燥，林区应继续做好森林防火工作。华南、华北、黄淮、长江中下游及云南等地的部分地区降水将可能偏多，要注意防御暴雨洪涝及其引发的滑坡、泥石流等灾害。6月份，在西北太平洋和南海海域将有2—3个热带风暴或台风生成，下旬可能有1个热带风暴或台风登陆我国，沿海地区要密切注视天气变化，认真做好防台工作。此外，夏季，是我国局地雷雨大风和冰雹、雷击多发时段，有关部门要做好防雷宣传和防雷设施安全检测工作，确保人民生命财产安全。

中国海洋局海洋环境预报中心研究员叶琳说，5月东南沿海虽然遭遇强台风“珍珠”袭击，广东、福建沿海出现了最大增水188厘米的风暴潮，并伴随著6米的狂浪。但由于台风影响广东、福建时沿海正值天文小潮期，并且台风又在当天的低潮时段登陆，因此沿海绝大多数潮位站均未超过当地警戒潮位，仅广东海门站、福建东山站的高潮位略超过当地警戒水位。